敌人的种类比较地稀少。与前作不同，本作中引发生化事件的既不是病毒、也不是寄生虫，而是一种被称为“Mutamycete（日文版写作「特異菌」）”的特殊真菌，游戏中通称“霉菌（Mold）”，引发事件由续作《生化危机：Village》中登场的母神米兰达发现。

本作中的主要BOSS是伊芙琳，由米兰达与The Connections合作创造的生化武器。本作中主要的杂兵敌人是被称为“菌兽（Molded）”的一类人形怪物，它们正是从伊芙琳的霉菌中产生。

一、前情

2000年开始，安布雷拉公司与H.C.F.组织（艾达所属的神秘上层组织，威斯克曾经投靠过）合作，开始研发一种生物生化武器。

这种生物武器的制造方法是：安布雷拉将其发现的一种叫做“mutamycete”的菌类的基因组注入第四阶段前的人类胚胎，在受控环境中进行38周到40周的培养。由此产生的生物被称为“候选标本”，并根据实用性进行评级，A至D系列是不实用的缺陷品，E系列则达到了完美，成为合适的生物兵器。

伊芙琳，代号E001，就是第一个E系列生物兵器。伊芙琳拥有实验计划的标准外观：10岁的小萝莉形象，方便混入城市居民或难民中，进行细菌战。

她可以随意分泌mutamycete物质，感染他人。霉菌会逐渐占据被感染者的细胞，令其具有强大的再生能力，除非将被感染者头部切除或者彻底粉碎，否则其会不断再生。霉菌到达大脑之后，实验对象的意识会与E系列药剂“交互反应”，使其出现幻听幻觉，可以看见并不存在的10岁小萝莉形象，逐渐被其控制心灵，开始无法控制自身的暴力冲动，做出自残和伤害他人的行为。当霉菌占据每一个细胞，被感染者会变成黑色的菌怪。这种菌怪是菌丝体形成的超级有机体，拥有强烈的求生与战斗本能。

从剧情来看，伊芙琳似乎可以加速被感染者的感染进度。

2013年，安布雷拉特别行动处（Special Operation Division）的主管艾伦·多尼与看守员米娅·温特斯负责护送伊芙琳前往中美洲分公司，以避免伊芙琳被敌对组织偷走（在游戏一开始的动画里，米娅称自己很想快点摆脱“照看孩子的工作”）。他们伪装成伊芙琳的父母，搭乘液化天然气运输船“安娜贝儿”号。他们手上佩戴的基因组药典，可以通话、显示自身健康状况以及通过监控伊芙琳的重要器官来进行追踪。如果伊芙琳失去控制，情况无法挽回，他们将会使用药典打开随身携带的箱子，制作E坏死毒素摧毁伊芙琳。

在来到路易斯安那州南部杜尔威地区时，伊芙琳攻击并感染了艾伦，但却将看守她的米娅视为妈妈，没有攻击她。在米娅追捕逃走的伊芙琳时，船员逐渐被转化为菌兽，最终艾伦亦被转化，而米娅也被感染。在此之前，米娅录下视频，警告丈夫伊森不要去找她。

当天晚上风暴大作，追及伊芙琳的米娅被抛出爆炸的船舶掉进水里。遇难船被冲到了河口，被卢卡斯·贝克发现。杰克·贝克在10月10日前去查看，带回伊芙琳和米娅两人（老房子地道有张照片是她们在船边的合影）。自此之后，贝克一家逐渐被伊芙琳感染和控制，但是卢卡斯在2015年1月在第三方组织的帮助之下摆脱了伊芙琳的心灵控制。佐伊·贝克不知为何还留有较正常的自我意识，而米娅则时而正常时而发狂，一直分不清现实与伊芙琳的幻觉，具有强烈暴力倾向，于是被恢复自主意识的卢卡斯关进牢房。伊芙琳有时会去看米娅，希望米娅能做她的妈妈。

其实伊芙琳也是安布雷拉的受害者。从出生就被当做生物兵器来隔离养育的伊芙琳，身世之凄惨比被注入了始祖病毒的丽莎有过之而无不及。她强迫实验对象（被感染者）做她的父母。在“安娜贝儿”号失事那天，她对米娅喊道，她厌倦了实验室的生活，她想要一个家。进入贝克一家之后，她把他们变成了自己的“家人”。在扭曲的心愿的驱使下，2016年9月前后，越来越失控的伊芙琳让贝克二老去绑架更多的受害者，扩大她的家族。

本来事情可能会就这样可怕地发展下去，但是伊芙琳却控制米娅给伊森发去一封邮件，将伊森诱骗到贝克一家的客屋。为什么她要这样做？卢卡斯给第三方的邮件中提到“也许她等米娅等得不耐烦了”，后来米娅在客屋三楼发狂，拿着电锯追砍伊森时反复念叨着“必须摧毁核心”、“我别无办法。”如果把米娅的这两句话理解为伊芙琳的意思的话，米娅可能是因为对伊森怀有深切的爱意，从而让伊芙琳无法完全控制米娅的心灵。所以伊芙琳把伊森引来，打算杀掉伊森，或者让伊森当她的“爸爸”，让米娅安定下来。

二、杰克·贝克

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