序章

故事接着MW2，普莱斯和尼古莱带着受伤的索普来到了印度喜马恰尔-布拉代什邦某处安全屋。击毙阿拉萨德、扎卡耶夫、谢菲尔德将军，过去经历过的一切就如同昨天发生的在索普眼前闪过，医生不安的宣布着：“他快要不行了...”

第一幕 黑色星期二

俄罗斯和美国的战争并未因谢菲尔德将军的死而结束。俄军已经向纽约进军，通过树立在纽约证券交易所楼顶的全波段电磁干扰信号塔，俄军阻止了美军在东部地区的信息传递，东部地区的制空权落入了俄军手中。美军指挥官“霸王”（谢菲尔德将军的继任者）命令仅有的一支可以联系到的特种作战单位 ——三角洲特种部队的“特种部队-1”小组配合地面部队摧毁电磁干扰塔。小组成员桑德曼，弗洛斯特，塔克以及格林奇四人经过一番苦战终于攻占了华尔街的纽约证券交易所，炸毁了位于屋顶的全频段电磁干扰信号塔，恢复东海岸的指挥通讯系统和制空权，使得美军成功将战线推回了哈德逊河岸。

深海猎航

夺回了纽约后，美军将目标转移到布满于哈德逊湾中的俄军主力舰队上，“特种部队-1”小组与一支海豹小组通过布鲁克林-炮台公园隧道（即478号州际公路）从水下潜入停泊于哈德逊河的俄军舰队，进入其旗舰——一艘满载远程巡航导弹的攻击核潜艇，桑德曼和弗洛斯特两人突入潜艇内部，夺取了潜艇控制权，将潜艇上的所有导弹砸向了附近的俄军舰队头上，任务成功后，美军最终突破俄军对纽约的包围，俄军被迫从美国东海岸地区撤退。

不速之客

不被承认 尼古莱和普莱斯等人藏身于印度喜马恰尔-布拉代什邦的一处避难地，前作结尾被谢菲尔德将军一刀捅伤的索普被送到这里急救，但紧随而来的马哥追随者们已经开始进攻这里，尼古莱向普莱斯推荐了前特种部队成员马哥基友{尤哥}，并宣称只有马哥基友{尤哥}才是比普莱斯队长更恨马哥的人，协助普莱斯保护索普撤离。马哥分子依靠直升机运送海量士兵在区域内展开屠杀式攻击，普莱斯队长等人的撤退之路异常艰难。最后马哥基友{尤哥}操纵尼古莱预先准备的UGV无人地面战车掩护尼古莱与普莱斯保护索普逃出生天，自己却险些命丧马哥分子的无人机攻击之下，好在最终有惊无险，成功逃生。

气旋

俄罗斯联邦警卫局 美俄大战引发了全世界关注，各国都在敦促美俄双方尽早结束战争，进行和谈。俄罗斯总统沃舍夫斯基携自己的爱女阿瑞娜乘坐专机前往汉堡与美国的副总统展开和谈，希望能与西方结束战争。但在飞行途中潜伏在机上的马哥分子劫持了飞机，FSO的特工们将其击退，但总统专机仍坠毁于西伯利亚某地，与此同时马哥分子也已经追到了飞机坠毁点，最后哈尔科夫特工等人虽然成功赶到总统所在地，但马哥本人已经占领了撤离直升机，马哥要求总统交出核弹发射密码（即核按钮）遭拒后，枪杀了周围的警卫局特工，并要求手下找到总统女儿进而胁迫总统。

重返战场

马哥基友{尤哥}向众人提供了一条信息，马哥准备通过塞拉里昂——摩洛哥——西班牙的线路向欧洲大陆运送着某种货物，而这种货物对马哥极其重要，他有可能会去现场督战货物的运送流程。已经康复的索普与普莱斯还有马哥基友{尤哥}前往塞拉利昂拦截马哥在那里运出的特殊货物，但此地已经被当地的军阀组织所占领，三人一路潜入到货物仓库，却发现货物已经被转移。在暴露后一路强行杀到教堂，但最终未能拦截到货物，情报显示货物经摩洛哥进入西欧，目标可能是英国与法国。

小心缝隙

英国军情六处从法国方面得到了危险货物入境的相关情报，在递交于军情五处后，军情五处决定派遣皇家特种空勤团（SAS）前往泰晤士河畔的一处港口调查这批货物，在港口发现货物已经装上卡车运往各处，同时还有武装分子进行保护，在与对方短暂交火后，对方劫持了一班地铁向威斯敏斯特疾驰而去，伯恩斯与队友将其拦截造成列车出轨爆炸，后与增援来的队友一起控制住车站内的恐怖分子。回到地面后虽然成功拦截一辆卡车，但其他卡车却不知去向。不久之后，散布在伦敦各处的卡车发生了爆炸并释放出生化毒气，整个伦敦都遭到了生化袭击！ 顺便提一下，本关SAS战地指挥沃克罗夫特中士的配音就是克雷格·法尔布拉斯(马哥)，没错，就是COD4里盖兹和COD6里幽灵的配音演员。

第二幕 门柱

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